Систему налогообложения в отношении будущей деятельности индивидуальный предприниматель должен выбрать самостоятельно, ориентируясь на характер деятельности, предполагаемые объемы реализации, наличие или отсутствие наемных работников и .т.п.

Необходимо также учитывать условия применения и ограничения, установленные Налоговым кодексом РФ в отношении того или иного режима налогообложения.

Так, например, патентная система налогообложения и едины налог на вмененный доход применяются в отношении ограниченного перечня видов деятельности, УСН имеет ограничения по объему выручки и составу расходов, принимаемых для целей налогообложения, применение ОСНО обязывает уплачивать НДС и увеличивает налоговую нагрузку за счет НДФЛ и других налогов и сборов.

Поэтому выбор системы налогообложения следует производить на основе предварительного бизнес-плана будущей деятельности, составленного на основе предполагаемых данных по составу и объему выручки и затрат, как на начальном этапе, так и во время вперед.

Зарплатные налоги необходимо оплачивать ежемесячно. При этом НДФЛ платится не позднее дня фактической выплаты зарплаты, а страховые взносы — не позднее 15 числа месяца, следующего за расчетным (т.е. взносы с зарплаты за май должны быть оплачены не позднее 15 июня). Но с точки зрения составления отчетности в ПФР и ФСС удобнее, когда задолженности перед фондами после окончания месяца не остается. Поэтому в Налоговом календаре рекомендуется уплачивать данные платежи чуть раньше, а именно до последнего дня месяца. Оплата зарплатных налогов ежеквартально, а не ежемесячно, является нарушением. В этом случае сроки уплаты налогов систематически нарушаются. За нарушение сроков платежей ООО могут быть выставлены пени.